গভীর ধ্যান ও তপস্যার মাধ্যমে শরীরের ব্যথা ও যন্ত্রণার অনুভূতি সত্যিই কমিয়ে আনা সম্ভব, যা কোনো অলৌকিক ঘটনা নয় বরং বিজ্ঞানের দৃষ্টিতে একটি প্রমাণিত সত্য। নিউরোসায়েন্স বা স্নায়ুবিজ্ঞান বলে, ধ্যান আমাদের মস্তিষ্কের গঠন ও কার্যপদ্ধতিতে এমন কিছু পরিবর্তন আনে, যা ব্যথার সংকেত গ্রহণের প্রক্রিয়াকে সম্পূর্ণ বদলে দেয়। নিয়মিত ধ্যানের ফলে মস্তিষ্কের নিউরোপ্লাস্টিসিটি ঘটে, যার কারণে ব্যথার তীব্রতা টের পাওয়ার জন্য দায়ী অংশগুলো (যেমন- ইনসুলা ও অ্যান্টেরিওর সিংগুলিট কর্টেক্স) শান্ত হয়ে যায় এবং ব্যথার সংকেত পেলেও অতিরিক্ত প্রতিক্রিয়া দেখায় না।
একই সাথে, গভীর ধ্যানের সময় মানুষ যখন নিজের শ্বাস-প্রশ্বাস বা কোনো নির্দিষ্ট বিষয়ে তীব্র মনোযোগ দেয়, তখন মস্তিষ্ক থেকে আসা কিছু বিশেষ সংকেত মেরুদণ্ডের ব্যথাবাহী পথ বা 'গেট' বন্ধ করে দেয়, ফলে যন্ত্রণার অনুভূতি পুরোপুরি মস্তিষ্কে পৌঁছাতে পারে না। তা ছাড়া, ধ্যানমগ্ন অবস্থায় মস্তিষ্ক থেকে প্রচুর পরিমাণে 'এন্ডোরফিন' নিঃসৃত হয়, যা শরীরের নিজস্ব ও প্রাকৃতিক পেইনকিলার হিসেবে কাজ করে। এই প্রক্রিয়াটি শরীরের স্ট্রেস হরমোন কমিয়ে পেশি ও স্নায়ুকে এতটাই শিথিল করে দেয় যে, বাইরে থেকে তীব্র আঘাত বা কষ্ট এলেও মন আর সেই যন্ত্রণায় সাড়া দেয় না।