মোহাম্মদ ঘুরি ১২০৬ খ্রিষ্টাব্দের ১৫ মার্চ মাগরিবের নামাজ পড়ার সময় নিহত হন। তিনি তখন গাজনি শহরে ছিলেন। তার হত্যাকারী ছিল একজন তুর্কি দরবেশ, যার নাম ছিল আবু তাহের। আবু তাহের মুহাম্মদ ঘুরির শাসনের সমালোচনা করতেন এবং তিনি বিশ্বাস করতেন যে মুহাম্মদ ঘুরি একজন অত্যাচারী শাসক। আবু তাহের মুহাম্মদ ঘুরির নামাজ পড়ার সময় তার পিছনে এসে তাকে ছুরি দিয়ে আঘাত করে হত্যা করেন।
মুহাম্মদ ঘুরির মৃত্যুর পর তার সাম্রাজ্য তার দুই ছেলে, জালালুদ্দিন খিলজি এবং আফগানিস্তানের শাসক গিয়াসউদ্দিন ঘুরি দ্বারা বিভক্ত হয়ে যায়। জালালুদ্দিন খিলজি ভারতে চলে যান এবং তিনি দিল্লি সালতানাতের প্রতিষ্ঠাতা হন।
মুহাম্মদ ঘুরির মৃত্যু দক্ষিণ এশিয়ার ইতিহাসে একটি গুরুত্বপূর্ণ ঘটনা ছিল। তার মৃত্যুর ফলে ঘুরি সাম্রাজ্যের পতন ঘটে এবং ভারতে মুসলিম শাসনের ভিত্তি প্রতিষ্ঠিত হয়।
মুহাম্মদ ঘুরির মৃত্যুর কারণ সম্পর্কে বিভিন্ন ঐতিহাসিক মতবাদ রয়েছে। কিছু ঐতিহাসিক মনে করেন যে আবু তাহের মুহাম্মদ ঘুরির শাসনের সমালোচনা করার কারণে তাকে হত্যা করেছিলেন। অন্যরা মনে করেন যে আবু তাহের মুহাম্মদ ঘুরির দ্বারা অপমানিত হয়েছিলেন এবং তাই তাকে হত্যা করেছিলেন। আবারও কেউ কেউ মনে করেন যে আবু তাহের একটি গোপন চক্রের অংশ ছিলেন যারা মুহাম্মদ ঘুরিকে হত্যা করার পরিকল্পনা করেছিল।
যাইহোক, আবু তাহের মুহাম্মদ ঘুরির পিছনে এসে তাকে ছুরি দিয়ে আঘাত করে হত্যা করার ঘটনাটি ঐতিহাসিকভাবে স্বীকৃত।