পানির রাসায়নিক গুণাবলি যত ভালো হবে জলজ প্রাণী হিসেবে মাছ তত পীড়নমুক্ত হবে।দেখা গেছে পানির পরিবেশ খারাপ হলে মাছ দ্রুত রোগাক্রান্ত হয়ে মারা যায়।সে তুলনায় রোগ সৃষ্টিকারী প্রাণী ও পুষ্টির অভাবজনিত কারণে মাছের মড়ক হতে বেশি সময় লাগে।তাই মাছ চাষে পানির পরিবেশ গুরুত্বপূর্ণ।