ব্যাকটেরিয়া ও ভাইরাসের মধ্যে মূল পার্থক্য হল- ভাইরাসের কোনো কোষ নেই আমিষ দিয়ে গঠিত এরা ব্যাকটেরিয়ার চেয়ে অনেক ছোট।আর ব্যাকটেরিয়া এককোষী ও বহুকোষী নিউক্লিয়াস দিয়ে গঠিত এরা ভাইরাসের চেয়ে অনেক বড়।ব্যাকটেরিয়া এবং ভাইরাস উভয়কে এন্টিবায়োটিক দিয়ে ধ্বংস করা যায়।তবে কিছু ব্যতিক্রম ভাইরাস আছে যেগুলো এন্টিবায়োটিক দিয়ে ধ্বংস করা যায় না।