মুসা খাঁর মসজিদ বা মুসা খানের মসজিদ বাংলাদেশের ঢাকা শহরে অবস্থিত মোগল স্থাপত্যের অনুকরণে নির্মিত একটি মসজিদ। এটি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় এর শহীদুল্লাহ হল ছাত্রাবাসের নিকটে ও কার্জন হলের পিছনে অবস্থিত। ধারণা করা হয় যে, এই মসজিদটি ঈসা খাঁর পুত্র মুসা খান নির্মাণ করেন। ঢাকা শহরে বিনত বিবির মসজিদের পাশাপাশি এটি প্রাক-মুঘল স্থাপত্যের একটি নিদর্শন। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের কার্জন হল প্রাঙ্গণে শহীদুল্লাহ হলের উত্তর- পশ্চিম কোণে মুসা খাঁর মসজিদ নির্মিত হয় আনুমানিক ১৬৭৯ সালে। ভৌগোলিক স্থানাঙ্কে মুসা খান মসজিদের অবস্থান ২৩.৭২৬৬৪৭৪° উত্তর ও ৯০.৪০০৮০৫২° পূর্ব।