যে তন্ত্রের কার্যকারিতার উপর মস্তিষ্ক ও মেরুরজ্জুর কোনো প্রভাব না থাকায় এরা স্বাধীন ও স্বতন্ত্রভাবে আপন কর্তব্য পালন করতে পারে তাকে স্বয়ংক্রিয় স্নায়ুতন্ত্র বলে। দেহের ভেতরের অঙ্গসমূহ যেমন- হৃৎপিন্ড, অন্ত্র, পাকস্থলি, অগ্ন্যাশয় ইত্যাদির কাজ পরিচালনায় আমাদের কোনো নিয়ন্ত্রণ না থাকায় তা স্বয়ংক্রিয় স্নায়ুতন্ত্র দ্বারা পরিচালিত হয়।